pdb文件(怎么把pdb文件提取受体)

1、怎么把pdb文件提取受体

把pdb文件提取受体：可以用perl写个脚本，先一个一个的打开pdb文件，然后读出以SEQRES开头的行，并写入到一个新的文件中。

点击download selected 后，应该是又出来一个网页，分成三部分：Structure Download，FASTA File Download，RCSB PDB File Download Services。你是你是想下载structure，你可以在Download Type处，选择PDB Format 就行了，然后再下载。

坐标部分：

MODEL: 多亚基时显示亚基号当一个PDB文件中包含多个结构时(例: NMR结构解析), 该记录出现在各个模型的第一行，MODEL记录行的第11-14列上记入模型序号。

序号从1开始顺序记入, 在11-14列中从右起写. 比如说有30个模型, 则第1至9号模型, 该行的7-13列空白, 在14列上记入1-9的数字; 第10-30号模型, 该行的7-12列空白, 13-14列上记入10-30的数字。

ATOM: 标准残基的原子. 记述标准残基(氨基酸以及核酸)中各原子的原子名称, 残基名称, 直角坐标(单位埃), 占有率, 温度因子等信息。

pdb文件(怎么把pdb文件提取受体)

2、pdb文件用什么打开

PDB文件可以用下面几种软件打开：

Adobe可以打开PDB文件。

用

reader挺好的，比较小，运行起来也比Adobe快。

可以使用PalmReader打开。

注意：如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。

PDB文件阅读器

一.

设计思路

好像PC端的PDB文件查看软件不多，一个PDBingo1.504其英文界面不说，就中文内容也显示不出就很不方便(都屏蔽成...了)，鉴于这种情况，并且一些电子图书也只能在模拟器上看，如果碰到不同内码的汉字更是麻烦，鉴于此我利用工作之余写了这个免费程序，方便各位胖友查看PDB文件结果和查看电子图书，希望我的劳动能给各位带来方便。

pdb文件(怎么把pdb文件提取受体)

3、如何用pymol分离受体和配体，然后分别保存成两个.pdb文件？

把autodock对接后的结果保存出bai来，用DS里面的叠合功能把这些小分子和原始配体叠合一下就行了。用PYMOL可以做的。

将autodock的小分子导出PDB格式，大分子部分也导出PDB格式。在maestro中有merge这一项，整合成一个完成的complex形式。在PYMOL中与晶体复合物align，可以得到叠合模式图。

受体与配体之间结合的结果是受du体被激活，并产生受体激活后续信号传递的基本。在生理条件下，受体与配体之间的结合不通过共价键介导，主要靠离子键、氢键、范德华力和疏水作用而相互结合。受体在与配体结合时，具有饱和性、高亲和性、专一性、可逆性等特性。

：

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。

软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

来源：百度百科-PyMol

4、pdb文件是什么

PDB文件，全称为“程序数据库”文件。PDB文件有三种形式：第一种只含有纯文本内容，这是PDB最主要的形式；第二种含有文本和图像；第三种不但含有文本和图像，而且含有各种Web内容。可以使用PalmReader打开。如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。

在Windows环境中，文件的操作或结构特性的指定。与文件类型关联的是它的图标以及对应该文件类型的程序。在Macintosh环境中，标识Macintosh文件类型的4字符序列。MacintoshFinder使用文件类型和文件创建者来决定适合该文件的桌面图标。文件类型，主要标识是它的扩展名(后缀名)，以下是几乎所有的文件类型大全。Palm系列的个人数字助理（PersonalDigitalAssistant,PDA）是目前手持设备市场的主流产品，其操作系统为PalmOS。PDB文件是PalmOS在Windows平台上定义的记录型数据库文件。